AbFlow : 全原子抗体設計におけるパラトーパー中心的抗体生成のエンデツウモデルのための行動抽出マッチングフレームワーク

抗原-抗体相互作用は、免疫応答においてcriticalな過程です。最近の進展により、抗体デザインが進歩した一方で、現在の方法では末端からの生成フレームワークを介して全原子の抗体構造のエンドツウモデリングがあまり効果的ではなく、抗原固有の幾何学情報を最大化することができません。これらを解決するため、我々はAbFlowを導入しました。これは行動抽出マッチングフрейムワックで、その上で最適輸送を使用してエンドツウ抗体構造設計を行います。AbFlowが延長された動勢労働ネットワークを含んでおり、これにより表面レベルの抗原相互作用データと抗体構造を改良することに焦点を当てており、特にCDR-H3領域を注意します。パラトーパー中心的抗体デザイン（多たつてりートーク）及び多なつのCDRの全原子抗体設計、結合強度最適化、複雑構造予測などでの広範な実験において、AbFlowは抗原-抗体複合体を大幅に上回ることができ、生成された抗体の結びつき強度も非常に改善されました。

arXiv:2602.07084v1 Announce Type: cross Abstract: Antigen-antibody binding is a critical process in the immune response. Although recent progress has advanced antibody design, current methods lack a generative framework for end-to-end modeling of full-atom antibody structures and struggle to fully exploit antigen-specific geometric information for optimizing local binding interfaces and global structures. To overcome these limitations, we introduce AbFlow, a flow-matching framework that leverages optimal transport to design full-atom antibodies end-to-end. AbFlow incorporates an extended velocity field network featuring an equivariant Surface Multi-channel Encoder, which uses surface-level antigen interaction data to refine the antibody structure, particularly the CDR-H3 region. Extensive experiments in paratoep-centric antibody design, multi-CDRs and full-atom antibody design, binding affinity optimization, and complex structure prediction show that AbFlow produces superior antigen-antibody complexes, especially at the contact interface, and markedly improves the binding affinity of generated antibodies.