PoSyMed による生体医療システム生物学的研究ワークフローのオーケストレーションと実行

arXiv:2604.20906v1 Announce Type: cross 本文書では、生物情報学リサーチにおいて実際の障壁となっている急速な科学ソフトウェアの成長について言及します。強力な統計的、人工知能（AI）ベースの手法は現在広く利用可能となっていますが、それらの有効な使用は断片的な配信、一貫しないドキュメント、複雑な依存関係、および再現性の低い実行環境によって妨げられていることがよくあります。その結果、_published_ ツールの再利用や独自の日付（データ）に対するワークフロー適応は、経験豊富なユーザーであっても技術的に困難かつ時間がかかる課題となっています。 ここでは、生物情報学ツールとワークフローの制御された統合、構成、実行のためのオープンでモジュール状なプラットフォームである PoSyMed を紹介いたします。PoSyMed は、バックエンド中心のプラットフォームアーキテクチャと形式化されたツール記述、制御されたコンテナベースのビルドおよび実行プロセス、永続的なワークフロー状態、そして対話ベースのユーザーインターフェースを結合しています。大規模言語モデル（LLM）は自律的な意思決定者としてではなく、有界された言語補助者として統合され、ツールを特定し、ワークフローの段階を提案し、タイピングされた、検証された、人間の監督下にある実行環境内でパラメータ化をサポートする役割を果たします。PoSyMed は、単一のプラットフォーム内で実践的な生体医療解析における再現性、追跡可能性、透明性の向上を設計しています。我々はシステムアーキテクチャを記述し、ワークフロー支援、インタラクションデザイン、プラットフォーム拡張性の観点から代表的な生物ソフトウェアシナリオを横断してその振る舞いを評価しました。PoSyMed は https://apps.cosy.bio/posymed で公開されています。

arXiv:2604.20906v1 Announce Type: cross Abstract: The rapid growth of scientific software has created practical barriers for bioinformatics research. Although powerful statistical, artificial intelligence (AI)-based methods are now widely available, their effective use is often hindered by fragmented distribution, inconsistent documentation, complex dependencies, and difficult-to-reproduce execution environments. As a result, reusing published tools and workflow adaptation to own date remains technically demanding and time-intensive, even for experienced users. Here, we present PoSyMed, an open and modular platform for the controlled integration, composition, and execution of bioinformatics tools and workflows. PoSyMed combines a backend-centered platform architecture with formal tool descriptions, controlled container-based build and execution processes, persistent workflow state, and a dialogue-based user interface. Large language models (LLM) are integrated not as autonomous decision-makers, but as human-computer interface with bounded semantic assistants that help identify tools, propose workflow steps, and support parameterization within a typed, validated, and human-supervised execution environment. PoSyMed is designed to improve reproducibility, traceability, and transparency in practical biomedical analysis within one platform. We describe the system architecture and evaluate its behavior across representative biological software scenarios with respect to workflow support, interaction design, and platform extensibility. PoSyMed is publicly available at https://apps.cosy.bio/posymed.